Les BPC se dégradent très lentement, ceux avec peu d’atomes de chlore se dégradent plus vite que les autres. Il est cependant vrai qu’ils s’éliminent progressivement de l’environnement.

Les méthodes de destruction comprennent l'incinération à haute température (1200C) et diverses méthodes chimiques. L’incinération est nécessaire lorsque de grandes quantités à haute concentration doivent être détruites (askarel). Des méthodes de traitement bactériologique sont en développement.